A baktériumos betegségek a szabadvízi haltenyésztésben a legnagyobb károkat okozzák. Akváriumi halak között viszonylag ritkábban, tartási problémákkal párosulva fordulnak elõ. Újabban számos vírusos betegséget is sikerült kimutatni a halak között. Ezek egy részét eddig baktériumos eredetûnek tartották.

A gombák és algák minden vízben elõfordulnak, idõszakos megszaporodásuk elsõdleges, de más (pl. mechanikus sérülések) ártalmakkal együtt is betegségeket, elhullást idézhetnek elõ. A paraziták a természetben széles körben elterjedtek.

A természetes vizekben az élõsködõk és a gazdaszervezet között egyensúly alakult ki. Akváriumokba ritkábban kerül be élõsködõ, de itt igen kedvezõ feltételekre talál a feldúsuláshoz, tehát egy-egy fertõzött hallal egész állományunkat fertõzhetjük igen rövid idõ alatt. Ha a környezeti tényezõk eltérnek az optimálistól, tömeges megbetegedések, halelhullások jelentkezhetnek. Ezeknek a hibáknak kiküszöbölése akváriumi viszonyok között sokkal egyszerûbb, mint tógazdasági haltenyésztésben (pl. vízcsere).

A funkcionális betegségeket a szorosan vett akváriumi haltenyésztéssel foglalkozók jól ismerik. A létrejött különbözõ génkombinációk (letális faktorok, nemi aberrációk), az ikra kezelése, a gyógyszeres beavatkozások, a váratlan hõingadozás (pl. az ikra kezelésének idõszakában), a közeli rokontenyésztés öröklõdõ vagy nem öröklõdõ rendellenességeket okoznak. Ezek egy része a haltenyésztõ számára kedvezõ, tetszetõs, esetleg meglepõ új formákat hoz létre és nem tekinthetõ betegségnek.

A legtöbb betegség gyógykezelését ismerjük, a halbetegségek gyógykezelése viszont sok esetben nem célszerû, sõt eredménytelen is. Ezért kell itt elsõsorban a betegségek megelõzésérõl beszélnünk. Azt a céltudatos tevékenységet, amellyel különbözõ halfajainknak az optimális életfeltételeket biztosítjuk, hogy az általunk kialakított környezetben jól érezzék magukat, ivarérettséget érjenek el, és életképes utódokat hozzanak létre - higiénia (hygiéne) néven foglalhatjuk össze.